ونجح المعهد في اكتشاف منتجات طبيعية بحرية ذات تطبيقات دوائية واعدة لتعزيز مكانة مصر في التكنولوجيا الحيوية، كما طور بروتوكولات للحماية من الملوثات الناشئة المؤثرة على الصحة والبيئة. واستطاع المركز توظيف تقنيات الذكاء الاصطناعي والحوسبة الكمومية في اكتشاف الأدوية وتقييم سمية الملوثات، بالإضافة إلى تطوير لقاح مبتكر لمكافحة أمراض الأسماك المستزرعة بما يدعم الاستزراع السمكي المستدام.
ونفذ المعهد مشروعات بحثية ممولة محلياً ودولياً، مثل Hortimed وHorizon Europe وY4Diversify4Future، إلى جانب مشروعات تحسين استزراع جمبري الفانامي ببحيرة قارون، وتطوير أعلاف محلية منخفضة التكلفة وتطبيقها تجارياً. وفي مجال الاقتصاد الأخضر، نجح المعهد في إنتاج البيوديزل من الطحالب الدقيقة كوقود متجدد صفر كربوني، وتطوير بلاستيك حيوي قابل للتحلل، وابتكار نظام نانوي لمعالجة مياه الصرف الصناعي وإعادة استخدامها.
وعلى صعيد المسح البيئي، أجرى المعهد تقييمات ميدانية لنهر النيل وبحيرتي ناصر وقارون، وصاغ خططاً للتطوير الشامل للبحيرات الشمالية عبر دراسة حالة لبحيرة المنزلة أثبتت تحسن المؤشرات البيئية بعد التكريك وإزالة التعديات. كما نجح المعهد في إنتاج عدة صناعات حيوية وطبية لتوطين الصناعات الدوائية، وعزز شراكاته بتفعيل بروتوكول تعاون مع معهد بحوث التناسليات الحيوانية وتنفيذ تجارب حقلية، إلى جانب تنظيم الملتقى العلمي الثاني لشعبة المياه العذبة والبحيرات.